根據專利法第三十五條的規定，專利局對發明專利申請進行實質審查。對發明專利申請進行實質審查的目的在于確定發明專利申請是否應當被授予專利權，特別是確定其是否符合專利法有關新穎性、創造性和實用性的規定。

　　在實質審查過程中，對于大多數發明專利申請，審查員均采用審查意見通知書的方式將實質審查意見告知申請人。如果能夠針對審查意見通知書撰寫出令人信服的意見陳述書，并修改出合格的申請文件，則申請就有可能在較短的時間內授權。因此，如何答復審查意見通知書是專利代理人的一項基本功。
　　根據審查意見通知書對申請文件的審查意見來看，大致可以分為兩類，即存在形式缺陷和存在實質性缺陷；其中存在實質性缺陷又可分為不可克服的實質性缺陷和可以克服的實質性缺陷。
　　如果申請文件僅存在形式缺陷，那么通過對申請文件進行修改即可授予專利權；如果申請文件存在實質性缺陷將會導致專利申請被駁回，對專利申請的前景起決定性作用，因此，在閱讀審查意見通知書時要特別重視其指出的實質性缺陷。
　　專利申請文件缺乏新穎性和/或創造性是常見的實質性缺陷之一審查員判斷發明專利申請是否具備新穎性和/或創造性的主要依據是通知書中所引用的對比文件，仔細研讀對比文件是理解審查員觀點的基礎。
　　在研讀對比文件之前，首先需要明確對比文件的類型，如果對比文件為抵觸申請，則只能用于評價新穎性，接著分析對比文件的技術領域與本申請的技術領域是否相同、相近或相關，本領域技術人員在解決本申請的技術問題時是否會去了解該對比文件所述領域現有技術的現狀。
　　然后，逐篇研讀對比文件，理解并分析對比文件所披露的技術內容，將它們分別與本申請權利要求的技術方案進行對比分析，必要時可以列表分析，如此可以更清楚，確定對比文件究竟披露了本申請權利要求中的哪些技術特征，而本申請權利要求中哪些技術特征還未被對比文件披露，只要存在對比文件未披露的技術特征，則本申請相對該對比文件具有新穎性。
　　通常對比文件1為審查員認定的與本申請最接近的現有技術，將對比文件1與本申請的技術方案，特別是權利要求所要求保護的技術方案，進行對比，確定哪些是本申請與對比文件1共有的技術特征，哪些是對比文件1未披露的技術特征，即區別技術特征，進而確定審查員的審查意見是否正確，如果審查意見有不準確的地方，需要指出來，并充分論述理由。
　　在上述基礎上進一步分析區別技術特征是否在其他對比文件中披露或者是本領域技術人員在解決相同或相應技術問題時的公知常識，若區別技術特征在其他對比文件中披露，則需進一步分析該區別技術特征在該對比文件中所起作用是否與其在本申請中解決相應技術問題中所起作用相同，從而判斷該對比文件是否給出將這些技術特征與對比文件1即最接近現有技術結合起來得出本申請要求保護的技術方案的啟示。如果上述區別技術特征未被其他對比文件披露或者雖然被披露但是與對比文件1無法結合，又或者不屬于本領域的公知常識，則本申請的技術方案相對于通知書中列出的對比文件具有創造性。
　　在上述分析的基礎上確定是否需要修改專利申請文件，并且根據專利申請文件的修改撰寫出具有說服力的意見陳述書。
　　將本申請特別是獨立權利要求的技術方案與對比文件對比分析后，確定是否需要修改申請文件及怎樣修改申請文件。
　　若不同意審查員的審查意見，即認為獨立權利要求相對于通知書中引用的對比文件具有新穎性和創造性，則可以不用修改權利要求書。但是必須在意見陳述書中充分論述原獨立權利要求相對于對比文件具有新穎性和創造性的理由。
　　若同意或部分同意審查員的審查意見，如原獨立權利要求不具備新穎性和創造性，則應當對獨立權利要求進行修改，可以將說明書中記載的可使申請具有實質性特點的技術特征增加到獨立權利要求中，對其保護范圍作進一步的限定，或者將通知書未做評論的從屬權利要求上升為獨立權利要求，同時對說明書作出適應性修改。在提交修改后的申請文件時，還應在意見陳述中論述修改后的權利要求具備新穎性和創造性的理由。
　　若經過對比分析后，認為原權利要求確實無新穎性和/或創造性，且說明書中也未記載任何可使申請具有突出實質性特點的內容，則需要將相關文件如審查意見通知書、對比文件等轉發給發明人，并告知其情況，請發明人從技術人員的角度來判斷本申請是否確實沒有實質性特點的內容，同時也是給發明人一個緩沖認識的機會。若發明人提出了修改申請文件的修改方案，則應當根據發明人的指示盡可能在意見陳述書中論述修改后的權利要求具有新穎性和創造性的理由。